德清县莫干山镇卫生院于2018年4月由原莫干山镇卫生院和莫干山镇筏头卫生院合并组成，2019年通过“优质服务基层行”基本标准验收，下辖15家村卫生室，目前已完成五四、四合、勤劳、东沈、北湖、瑶坞、庙前、仙潭、何村、紫岭、后坞11家“美丽村卫生室”改建。

莫干山镇卫生院配备全自动生化仪、全自动血液分析仪、电解质分析仪、血凝仪、全自动尿分析仪、彩色B超、数字化X光摄片机（DR）、心电监护仪、除颤仪（AED）、心电图机、动态血压检测仪、动态心电图检测仪等多种医疗设备。建有中医馆，开设中医骨伤科和中医针灸推拿科，设有治疗床、电针治疗仪、多功能牵引床等设备，开展中药饮片、电针、针灸、艾条、火罐、推拿、中医定向透药、刮痧、三伏贴等多种中医药服务项目。

近年来，医院相继获得浙江省规范化乡镇卫生院、浙江省乙等乡镇卫生院、市级文明单位、文明创建先进单位、抗疫先进集体、胸痛救治单元建设单位、优秀称职站所、市级疫情防控先进单位等荣誉称号。