根据上述职责，莫干山镇机关设置6个综合性办公室：
　　㈠、党政办公室
　　负责镇机关党务、行政事务、文书收发、档案管理、综合协调和信息调研工作；检查、督促党委政府布置的重要工作和中心任务的完成落实情况；负责加强农村党组织建设和基层政权建设，巩固党在农村的执政基础，全面推进社会主义新农村建设；抓好对机关干部日常工作的督查与考核；做好人大、政协、统战、群团、人武工作；负责机关后勤保障工作，搞好重大活动的组织安排；完成党委、政府交办的其他工作。
　　㈡、经济发展办公室（财政工作办公室）
　　负责编制和组织实施全镇工业经济发展中长期规划、计划，统筹一、二、三产业协调发展；负责区域内工业园区建设管理，经济运行监测、技术监督、有序用电管理、商贸行业管理、安全生产监督管理及外经外贸科技进步等工作，抓好企业节能降耗等工作，为企业技术改造和发展等提供审批事项代办；配合上级统计部门开展统计执法检查；贯彻执行有关劳动和社会保障工作的法律、法规和方针政策，负责劳资纠纷，劳动争议的调解工作；负责失业人员再就业培训（鉴定）及劳动力资源开发利用等工作；负责职工养老、医疗、工伤、失业、生育等社会保险的基础管理工作；防治环境污染，保护生态与生活环境，配合上级环保部门调查，处理环境违法行为。管理机关、直属事业单位的公有资产，负责编制财政预（决）算草案、管理预算外资金，合理安排支出；制定并组织落实经济发展规划和年度目标任务，编制年度财政预决算、办理会计核算。受托管理和监督乡镇预算内、外各项收支。完成党委、政府交办的其他工作。
　　㈢、农业发展办公室
　　负责制定农业发展的综合规划和年度计划；抓好农村集体财务和资产管理、股份合作经济工作、农民负担监督、农村土地承包管理，抓好村级会计代理，配合抓好对村级财务的审计监督；负责农业生产服务和农业先进技术推广与应用，负责农业统计工作，负责农田基本建设规划和实施；负责水利建设管理、水土保护管理等工作；负责绿化造林、生态公益林建设，加强村政管理与森林资源监督；负责农村劳动力转移培训、农村养老保险等基础管理工作；完成党委、政府交办的其他工作。
　　㈣、社会事务管理办公室
　　负责全镇人口与计划生育的宣传教育、技术服务、政策法规，规划统计、协会组织及流动人口管理工作；负责教育、文化、体育、旅游和广播电视事业的建设、发展与管理；负责卫生防疫、妇幼保健和新型合作医疗保险及开展爱国卫生活动；负责拥军优属、优抚安置、城乡居民最低生活保障、救灾救济和救助管理、社会捐赠、弱势群体救助、老龄工作、殡葬管理、婚姻登记、社团和民间组织管理、农村救灾保险等民政工作和残疾人管理与服务工作；完成党委、政府交办的其他工作。
　　㈤、村镇建设办公室
　　负责宣传贯彻执行有关土地管理、城乡规划和村镇建设、房产管理及交通道路管理的法律、法规和政策；组织参与城乡规划的编制和实施管理，负责建设工程项目申报、建设工程实施与管理、建筑市场管理和房地产管理；负责城镇环境卫生、村容村貌的综合治理和征地拆迁工作；负责给排水、园林绿化、环卫设施等公用事业的建设管理；负责村镇交通道路规划、建设、管理和养护工作；负责测绘标志的保护、村镇建设的统计上报和建设档案管理工作；完成党委、政府交办的其他工作。
　　㈥、综合治理办公室
　　负责研究制订创建“平安镇”，构建和谐社会的计划、方案，部署、落实具体工作措施；协调处理统筹城乡发展过程中出现的各类矛盾纠纷，负责来信来访的接待、协调和处理，负责社会稳定情报信息和矛盾治安纠纷信息的摸排、收集和上报；指导和协调村、社区和企业的社会治安综合治理工作，组织开展群防群治工作；协助有关部门开展反邪教、禁毒和法律援助等工作；负责普法宣传和法制教育，做好归正人员的安置、帮教和社区矫正工作，指导管理人民调解工作，为群众和企事业单位提供法律咨询和服务；负责综合办理执法监督相关事务性工作；完成党委、政府交办的其他工作。